La autonomía universitaria es un principio fundamental del sistema educativo mexicano y está consagrada en el Artículo 3º de la Constitución Política. Este concepto implica que una institución pública de educación superior tiene la facultad de autogobernarse y administrar sus asuntos internos sin intervención directa del gobierno, aun cuando reciba financiamiento del Estado.
La autonomía permite a la universidad crear sus propias normas internas, como estatutos y reglamentos, le otorga la capacidad de elegir a sus autoridades mediante sus propios órganos colegiados, sin que el poder público designe de manera directa a rectores o directivos y también implica administrar su patrimonio y decidir el destino de su presupuesto conforme a sus prioridades académicas y sociales.
Esta libertad está acompañada de la obligación de rendir cuentas ante instancias fiscalizadoras para supervisar el uso adecuado de los recursos públicos.
